백엔드 코드를 아름답게 분리하고 싶어요

최근에 본 강의 영상을 토대로 저만의 어플리케이션을 만들고 있습니다. 강의 영상에서는 API / Service / Database 로 layer를 분리해서 코드를 짰던 것을 보고 저도 나름 적용해보려고 하는데요. 코드를 짜면 짤 수록 뭔가 코드가 비슷하지만 조금은 다른 코드가 점점 늘어나게 되더라구요. 일단은 내 맘대로 작성해보고, 거의 다 완성이 되어갔을 때 리팩토링을 하려고 하는데, 접근방법을 어떻게 하면 좋을 지 의견을 물어보고 싶습니다.